Accueil / COVID-19 : pourquoi placer les eaux usées sous surveillance ?

Publié le 28 décembre 2021

Depuis quelques semaines, la presse annonce une cinquième vague de contaminations. Des prédictions confirmées par les dernières analyses des eaux usées, effectuées à Marseille, qui révèlent une augmentation de la concentration en Covid-19. Les eaux usées seraient-elles de véritables signaux d’alerte ?

La Covid-19 est éliminée par l’organisme dès que la personne est infectée, qu’elle soit symptomatique ou asymptomatique. Des traces du virus se retrouvent alors dans les eaux usées et ce, avant même l’apparition des symptômes.

« L’analyse des eaux usées constitue un indicateur précoce pour prévenir des épisodes de recrudescence de l’épidémie. Cela permet d’éclairer les décisions des politiques pour mettre en place et/ou renforcer les mesures sanitaires. », explique Karim Zmantar, hydroécologue aux laboratoires TERANA.

Comment détecter le virus dans les eaux usées ?

En station d’épuration, les experts du réseau OBEPINE* recommandent d’effectuer 2 prélèvements par semaine sur un échantillonneur automatique durant 24h. « Cela permet d’avoir un échantillon représentatif de la circulation du virus au sein de la population. », précise Aude Lebaupain, responsable technique PCR à TERANA CHER.

À son arrivée au laboratoire, l’échantillon est traité par ultra-centrifugation afin de décanter les parties solides plus rapidement. Une étape essentielle pour garantir la fiabilité des résultats d’analyse c’est pourquoi TERANA a investi dans du matériel de pointe.

« Nous procédons ensuite à l’extraction de l’ARN viral et son amplification par technique RT-PCR. À l’issue, nous allons pouvoir détecter avec précision la présence du virus et son taux de concentration pour apprécier l’évolution de la contamination sur un territoire. », conclut Aude Lebaupain.

 

LE SAVIEZ-VOUS ?

Les laboratoires TERANA effectuent les analyses des tests virologiques (dits PCR) de dépistage afin de prêter main-forte aux laboratoires de biologie médicale.

*Observatoire Épidémiologique dans les Eaux Usées

©SATEA63

Publié le 25 février 2021

Afin de répondre aux nouvelles directives sanitaires, les laboratoires TERANA effectuent le criblage systématique de tous les tests PCR positifs. Objectif : identifier les variants et assurer la surveillance de la contamination due à ces nouvelles souches.

« Le criblage de tous les tests positifs est obligatoire depuis le 23 janvier. Au sein de nos laboratoires TERANA, nous avons immédiatement répondu à cette directive nationale et détectons les variants anglais et sud-africain/brésilien. Nous rendons les résultats dans les meilleurs délais et les laboratoires médicaux les enregistrent dans la plateforme Si-Dep qui recense tous les résultats des tests au niveau national. », précise Florence Baurier, directrice TERANA Cher.

Coronavirus : TERANA en première ligne

Depuis mai 2020, TERANA est venu prêter main-forte aux laboratoires de biologie médicale pour renforcer leur capacité analytique. En 2020, les trois sites de Bourges (18), Nevers (58) et Lempdes (63) ont analysé plus de 130 000 échantillons Covid-19.

Pour assurer les opérations de criblage, la technique est la même que pour réaliser l’analyse PCR de première intention, comme l’explique Marianne Stopyra, technicienne en biologie moléculaire à TERANA Puy-de-Dôme : « À partir du prélèvement nasopharyngé, nous recherchons le matériel génétique du Covid. Nous assurons alors l’extraction du virus avant de l’amplifier pour détecter sa présence. Pour la phase de criblage, nous réalisons une nouvelle amplification qui nous permettra de déterminer l’existence d’un variant ou non. Semaine 7, nous avons effectué près de 700 criblages sur les 8 000 analyses PCR réalisées au sein de nos laboratoires. »

Après le criblage, le séquençage

Spécialisé en biologie et génétique moléculaires, TERANA Nièvre a proposé aux ARS de mettre à disposition son expertise ainsi que ses équipements de pointe pour réaliser le séquençage du génome du Covid-19.

« Seuls trois ou quatre laboratoires départementaux sont équipés d’un séquenceur NGS (new generation sequencing). Cette technique de biologie moléculaire permet de décrypter la séquence du virus, et d’en pister les différents variants. », conclut Chantal Audeval, responsable technique en santé animale à TERANA Nièvre.

LE SAVIEZ-VOUS ?

TERANA assure également la surveillance du Covid dans les eaux usées issues de stations d’épuration.

En savoir plus


Publié le 02 novembre 2020

D’après l’OMS*, 70% des agents pathogènes ont des réservoirs animaux notamment la faune sauvage. Ce qui explique pourquoi la surveillance de la faune sauvage est devenue un véritable enjeu de santé publique ces dernières années. Qui se charge de surveiller les maladies infectieuses en milieu naturel ? Pourquoi et comment ? Le point avec Florence Baurier, vétérinaire et directrice TERANA CHER.

Qui surveille la faune sauvage et pourquoi ?

En France, l’Office Français de la Biodiversité (OFB) effectue une épidémio-surveillance des maladies de la faune sauvage au travers du réseau SAGIR (Surveiller pour Agir), créé en 1986. Objectif : surveiller l’état de santé des animaux sauvages (oiseaux et mammifères) pour mieux anticiper les risques sanitaires.

« Les maladies infectieuses en faune sauvage constituent une réelle menace pour la santé publique, l’environnement mais aussi pour l’économie. En cas de contaminations des animaux de rente, ces maladies peuvent provoquer des pertes économiques considérables pour les éleveurs », explique Florence Baurier, directrice TERANA CHER.

Cette surveillance de la faune sauvage mobilise plusieurs acteurs notamment les Fédérations des chasseurs, l’Office français de la biodiversité ainsi que les laboratoires vétérinaires départementaux.

Comment surveiller les maladies infectieuses en milieu sauvage ?

Contrairement aux animaux domestiques et d’élevage, surveiller l’état de santé des animaux sauvages n’est pas simple. « Pour contrôler les virus qui circulent dans la faune, nous analysons les mortalités suspectes d’animaux sauvages comme des morts inexpliquées ou groupées. »

Lors d’une mort suspecte, l’alerte est souvent donnée par la Fédération de la chasse locale (ou les services départementaux de l’OFB) qui transmet le cadavre aux laboratoires départementaux pour autopsie et analyses complémentaires.

« En laboratoire, nous allons identifier les facteurs de mortalité si l’état de décomposition du cadavre le permet. Nous enregistrons ensuite les résultats d’analyses dans une base de données nationale qui permet à l’OFB d’identifier les risques éventuels et lancer, si besoin, une alerte au niveau départemental, régional ou national. », ajoute Florence Baurier, directrice TERANA CHER.

TERANA, acteur engagé dans la surveillance de la faune sauvage

Sangliers, chevreuils, lapins, oiseaux… Plus de 150 animaux de la faune sauvage sont autopsiés chaque année au sein des cinq laboratoires TERANA.

« Quand on accueille le cadavre d’un animal pour autopsie, on doit suivre un protocole strict pour éviter tout risque de contamination dans l’environnement car certains virus sont transmissibles à l’Homme et aux animaux domestiques. Au cours de l’examen post-mortem, nous identifions les lésions principales et réalisons si nécessaire des analyses complémentaires pour déterminer les causes de la mort de l’animal. Nous établissons, ce que l’on appelle dans notre jargon, le processus pathologique principal avec un indice de confiance qui permet de classifier le niveau de certitude de notre diagnostic. », explique Florence Baurier en charge des autopsies faune sauvage à TERANA CHER.


Quelles maladies de la faune sauvage surveille-t-on particulièrement ?

Peste porcine africaine

L’alerte a été donnée par le réseau SAGIR fin 2018. Cette maladie, qui touche les porcs (sangliers et cochons d’élevage), progresse dans l’Est de l’Europe notamment en Belgique, Allemagne, Roumanie ou encore en Ukraine. « À ce jour, la France n’a identifié aucun cas de peste porcine africaine sur son territoire. Pour conserver ce statut, il faut rester vigilant car les pays voisins sont particulièrement touchés. Ce virus n’est pas transmissible à l’Homme mais il est extrêmement mortel pour les porcs et peut causer de grosses pertes économiques pour les éleveurs de cochons. ».

Influenza aviaire

Le virus peut prendre une forme « hautement pathogène » qui affecte particulièrement les oiseaux d’eau migrateurs tels que les cygnes, les échassiers (hérons…) et certains rapaces. « Si l’on retrouve des morts groupées d’oiseaux, nous allons tout de suite analyser les cadavres pour vérifier les causes. Dans le sud-ouest par exemple, des milliers de canards d’élevage ont été abattus car des foyers de la maladie avaient été détectés. »

*OMS : Organisation Mondiale de la Santé

 

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