COVID-19 : cribler les tests positifs pour détecter les variants

Publié le 25 février 2021

Afin de répondre aux nouvelles directives sanitaires, les laboratoires TERANA effectuent le criblage systématique de tous les tests PCR positifs. Objectif : identifier les variants et assurer la surveillance de la contamination due à ces nouvelles souches.

« Le criblage de tous les tests positifs est obligatoire depuis le 23 janvier. Au sein de nos laboratoires TERANA, nous avons immédiatement répondu à cette directive nationale et détectons les variants anglais et sud-africain/brésilien. Nous rendons les résultats dans les meilleurs délais et les laboratoires médicaux les enregistrent dans la plateforme Si-Dep qui recense tous les résultats des tests au niveau national. », précise Florence Baurier, directrice TERANA Cher.

Coronavirus : TERANA en première ligne

Depuis mai 2020, TERANA est venu prêter main-forte aux laboratoires de biologie médicale pour renforcer leur capacité analytique. En 2020, les trois sites de Bourges (18), Nevers (58) et Lempdes (63) ont analysé plus de 130 000 échantillons Covid-19.

Pour assurer les opérations de criblage, la technique est la même que pour réaliser l’analyse PCR de première intention, comme l’explique Marianne Stopyra, technicienne en biologie moléculaire à TERANA Puy-de-Dôme : « À partir du prélèvement nasopharyngé, nous recherchons le matériel génétique du Covid. Nous assurons alors l’extraction du virus avant de l’amplifier pour détecter sa présence. Pour la phase de criblage, nous réalisons une nouvelle amplification qui nous permettra de déterminer l’existence d’un variant ou non. Semaine 7, nous avons effectué près de 700 criblages sur les 8 000 analyses PCR réalisées au sein de nos laboratoires. »

Après le criblage, le séquençage

Spécialisé en biologie et génétique moléculaires, TERANA Nièvre a proposé aux ARS de mettre à disposition son expertise ainsi que ses équipements de pointe pour réaliser le séquençage du génome du Covid-19.

« Seuls trois ou quatre laboratoires départementaux sont équipés d’un séquenceur NGS (new generation sequencing). Cette technique de biologie moléculaire permet de décrypter la séquence du virus, et d’en pister les différents variants. », conclut Chantal Audeval, responsable technique en santé animale à TERANA Nièvre.

LE SAVIEZ-VOUS ?

TERANA assure également la surveillance du Covid dans les eaux usées issues de stations d’épuration.